O ingresso no Programa de Pós-Graduação em Matemática da UFABC ocorre tanto por meio do edital de Fluxo Contínuo quanto por meio de edital de processo seletivo. Esse último consiste basicamente de uma prova escrita nas disciplinas de Análise Real e Álgebra Linear. O edital do processo seletivo é lançado todos anos, geralmente em junho para ingresso no 3º quadrimestre, e em outubro para ingresso no 1º quadrimestre.